L’histoire de la gare du Pont de Flandre est étroitement liée à celle de la gare d’Est-Ceinture, qui se situe à moins de 400 mètres seulement.
Inaugurée à l’occasion de l’Exposition universelle de 1867, la gare d’Est-Ceinture permet seulement une correspondance entre les trains de l’Est et ceux de la Petite Ceinture, et n’est pas ouverte aux riverains. En 1869, le Syndicat de Ceinture décide de renforcer le trafic voyageurs de la Petite Ceinture. 4 nouvelles gare voient ainsi le jour , dont celle du Pont de Flandre qui doit remplacer la halte d’Est-Ceinture.
Ainsi, l’ouverture à l’exploitation de la gare du Pont-de-Flandres, le 26 avril 1869, entraîne de facto la fermeture de la halte d’Est-Ceinture. Le premier bâtiment voyageur, situé à l’angle de la rue de Cambrai et de la rue Curial, est fait en planches sur une base grossière en ciment. Dans cette première configuration, elle est assez éloignée de la rue de Flandre, est pourtant très fréquentée.